DNAMAN开放阅读框的查找，和开放阅读框方向的判断，在做基因序列分析、质粒验证和PCR产物注释的时候，是经常会碰到的问题。开放阅读框，也就是ORF，通常指的是从起始密码子开始，到终止密码子结束的一段可能编码蛋白的序列。查找ORF不能只看哪一段最长，还需要结合起始密码子、终止密码子、阅读框的方向、目标物种的密码子表，还有已知的蛋白信息，一起去做出判断。

　　一、DNAMAN开放阅读框怎么查找

　　在DNAMAN里面查找开放阅读框以前，需要先确认被导入的序列是正确的。测序拼接以后的序列、质粒的片段、基因组的片段，这些都可以拿来进行分析，但是如果序列的方向弄错了，或者是低质量的碱基没有被处理过，那么ORF的结果，也是容易发生偏差的。

　　1、先把序列导入进来，并且检查一下

　　把FASTA格式的序列，或者是测序整理过后的序列，导入到DNAMAN当中以后，需要先去检查一下序列的长度、碱基的组成，还有是不是存在大量的N位点。如果序列里面有很多不确定的碱基，那么ORF就有可能会被提前打断掉，导致最后的结果看起来很短。

　　2、接着打开ORF分析的功能

　　在【ORF】或者是跟开放阅读框分析有关的功能里面，去设定好最小的ORF长度、起始密码子，还有终止密码子。

　　最小的长度不要设得太低了，否则就会出现很多很短的候选ORF，影响到最后的判断。在做编码基因分析的时候，是可以根据目标基因预期的大小，去设置一个范围的；如果只是初步地去筛查一遍，那就可以先用一个中等长度的阈值，然后再去逐步地做出调整。

　　3、然后去查看一下候选ORF的结果

　　DNAMAN通常会显示出不同阅读框当中的候选ORF，这里面包含了起始的位置、终止的位置、长度，还有方向。到了这一步，要重点去看一看，是不是存在着完整的起始密码子和终止密码子，也要去看一看ORF的长度，是不是符合先前的预期。不能只是因为某一段它的长度最长，就直接去判断它一定就是目标基因。

　　二、DNAMAN开放阅读框方向怎么判断

　　ORF方向的判断，它的关键是在于，去看编码的那一段序列，到底是位于正向的那条链上面，还是位于反向互补的那条链上面。DNA这个东西，它本身是有着两条链的，软件通常会把正向的三个阅读框，和反向的三个阅读框，放在一起去进行检查，所以最后的结果里面，就有可能会出现好几个不同方向的候选ORF。

　　1、去看一看阅读框的标记

　　如果ORF出现在了正向的阅读框里面，那么通常就说明，它是位于当前输入序列的正向链上面的；要是它出现在了反向的阅读框里面，那就说明，它更有可能是位于反向互补的那条链上面的。在做方向判断的时候，需要去看一看软件结果里面的frame标记，不能只是去盯着序列在界面里面的排列方向。

　　2、结合起始和终止的位置，去做出判断

　　如果候选的ORF是位于正向链上面的，那么起始的位置，通常是要比终止的位置，来得更小一些的，是按照当前序列从5’到3’的方向，去进行读取的。要是候选的ORF是位于反向互补链上面的，那么它所显示出来的位置，就有可能会让人感觉是“倒着走”的，到了这个时候，就需要去理解，它实际的编码方向，其实是处在反向互补序列的5’到3’方向上面的。后面再想要去设计引物，或者是去注释基因的时候，就需要按照真实的编码方向，去进行后续的处理。

　　3、把序列翻译成蛋白，再去确认一下

　　是可以先把候选的ORF，翻译成氨基酸的序列，然后再拿它去和已知的蛋白，或者是数据库里面的结果，去做一次对比的。如果正向的ORF在被翻译出来了以后，出现了大量的提前终止现象，而反向的ORF却能够得到一段长度比较合理、结构也比较完整的蛋白序列，那么目标基因，它就更有可能，是落在了反向互补的那个方向上面。

　　三、DNAMAN查找ORF时怎么减少误判

　　ORF的预测，它不过是一种计算出来的结果，并不能够等同于就一定找到了真实的基因。尤其是在短片段、非编码区，还有质粒多克隆位点的附近，是很容易就冒出来好几个候选的ORF的。

　　1、要结合实验的目的，去做出判断

　　如果是在验证克隆的片段，那就需要去看一看，ORF它是不是和插入的方向、载体的启动子，还有标签的序列，保持着一致。要是ORF的方向，和启动子的方向是相反的，那么就算是软件能够找到ORF，它也不一定就能够正常地去进行表达。

　　2、去留意一下密码子表的设置

　　不同的生物，或者是不同的细胞器，它们所使用的密码子表，是有可能是不同的。一般的细菌，还有常规的真核核基因，是可以去使用标准密码子表的，但是线粒体、叶绿体，或者是特殊物种的序列，就需要去留意一下，是不是需要去切换一下密码子的规则。

　　3、把分析的结果保留下来

　　最好是去保存好原始的序列、ORF的截图、候选ORF所在的位置、它的方向、被翻译出来的蛋白序列，还有当初做出判断的根据。后面如果还要去做引物的设计、蛋白的表达，或者是序列的注释，这些记录，都是可以帮助去回溯的，也能避免再去做一次重复的判断。

　　总结

　　DNAMAN的开放阅读框，应该怎么去进行查找，还有开放阅读框的方向，又要怎么去进行判断，这里面的关键，都是要先把正确的序列给导入进来，然后再去通过ORF分析的功能，去查看一下不同阅读框里面的候选编码区。在做方向判断的时候，需要去看正向和反向的阅读框、起始和终止的位置、起始密码子、终止密码子，还有被翻译出来的蛋白序列。ORF的结果，是不能够仅仅只是去看长度的，还要去结合实验的目的、载体的方向、密码子表，还有已知的蛋白信息，放在一起去做确认。