做DNAMAN多序列分析时，很多人前面并不是不会点比对，而是比对结果出来以后，不知道一致性到底该看哪一层。其实这件事在DNAMAN里可以拆成两步来看：第一步先把多序列比对做出来，第二步再把一致性相关的显示打开。Lynnon的官方教程里已经把多序列比对和显示控制分开说明了，所以更稳的顺序，应该是先完成alignment，再回到编辑器里处理consensus和颜色显示。

　　一、DNAMAN怎么做多序列一致性分析

　　先不要一上来就在结果窗口里硬看保守位点。更稳的做法，是先按正式入口把多序列比对跑出来，再在alignment editor里看整体一致性。官方教程说明，DNAMAN的多序列比对入口就是【Multiple Alignment】工具栏，而且这里不要求序列事先放在channels里。

　　1、先进入【Multiple Alignment】

　　官方教程写得很明确，多序列一致性分析的起点就是【Multiple Alignment】工具栏。也就是说，这一步不是从双序列比对里硬扩展出来，而是直接走多序列入口。

　　2、把需要比较的序列一次选齐

　　进入多序列比对以后，先把目标序列选出来。官方教程显示，多序列比对本身支持单独选择待分析序列，而不是必须先把它们逐条装进固定通道再开始。

　　3、根据序列类型选合适的比对方式

　　如果分析的是DNA，就按DNA序列的对齐方式继续；如果分析的是蛋白，就按蛋白序列方式继续。DNAMAN产品页说明，多序列比对同时支持DNA和蛋白，而且可用不同算法去完成alignment。

　　4、先把参数和显示选项定好再运行

　　官方教程在流程图里把参数设置和display options单独列了出来，这说明一致性分析不是只靠“点开始”就结束，而是要先把比对参数和显示方式收好，再启动比对。这样做出来的结果，后面看一致性才更稳。

　　二、DNAMAN一致性位点怎么高亮显示

　　一致性位点在DNAMAN里，不是靠单独一个“高亮按钮”解决，而是靠consensus显示和相同残基着色一起完成。官方产品说明明确提到，multiple alignment的外观可以修改，包括显示一致性序列，以及把相同残基显示成颜色或色块。换句话说，真正要把一致性位点看清，重点不是只开一行consensus，而是让consensus行和颜色显示一起工作。

　　1、先把consensus sequence打开

　　官方页面明确列出，DNAMAN可以在多序列比对视图中显示consensus sequence。要看一致性位点，第一步就该先把这一行显示出来，因为它是你判断保守位点最直接的参考线。

　　2、再打开identical residues的颜色或色块显示

　　官方说明里还提到，DNAMAN支持把identical residues显示为colors或blocks。这个功能虽然描述的是“相同残基显示”，但在实际使用上，就是把保守区域更直观地凸显出来，所以它和consensus行要一起用。这里“用来高亮一致性位点”是基于官方显示功能作出的直接使用判断。

　　3、需要更清楚时再调整字体和显示顺序

　　官方页面把change text font也列进了multiple alignment外观修改项里。实际操作里，如果序列很多、位点又密，把字体、显示比例和颜色状态一起调顺，会比只开颜色更容易看清连续保守区。这个用法属于基于官方显示能力得出的实操建议。

　　4、看保守位点时不要只盯单个位点

　　一致性分析更有价值的地方，通常不是看某一个字符相同，而是看一段区域是不是连续保守。DNAMAN的图形化alignment editor支持快速移动到感兴趣区域，也支持继续手动调整alignment，所以高亮之后最好顺着保守区连续往前后看，而不是只停在某一个亮点上。

　　三、DNAMAN多序列一致性结果先看哪里

　　很多人结果一出来就先找颜色最深的位置，其实这样容易把重点看偏。更稳的顺序，应该是先看整体alignment，再看consensus行，最后再用颜色去确认哪些位点或片段真正稳定。这个顺序虽然简单，但更接近DNAMAN官方把“比对结果”和“外观显示”分开设计的逻辑。

　　1、第一步先看alignment整体是否顺

　　如果整体比对本身还存在明显错位，后面看到的consensus和颜色高亮也会被带偏。所以先确认多序列alignment主体是合理的，再谈一致性判断。

　　2、第二步再看consensus行

　　consensus sequence是判断保守位点的主线，先看这一行，能更快判断哪些位点是一致的，哪些区域只是局部相似。

　　3、第三步最后用颜色或色块确认重点区域

　　当整体比对和consensus都已经看顺以后，再回头看颜色或色块，重点就会从“哪里亮”变成“哪一段连续保守”。这样做比一开始只盯颜色更稳，也更适合做后续功能区判断或引物、探针区域筛选。这个判断是基于官方提供的consensus显示和identical residues着色功能得出的实际查看顺序。

　　总结

　　DNAMAN怎么做多序列一致性分析，关键不是只把序列拉进去做一次比对，而是先按【Multiple Alignment】把结果做稳，再回到alignment editor看整体一致性。DNAMAN一致性位点怎么高亮显示，重点也不是单独找一个“高亮开关”，而是把consensus sequence和identical residues的颜色或色块显示一起打开。按“先比对、后consensus、再颜色确认”的顺序来看，多序列一致性通常会更容易判断，也更不容易把局部相似误当成真正保守位点。