做重组蛋白时，序列文件里可能存着两份记录：一份保留纯化标签，一份是切掉标签后的蛋白。两份序列算出的等电点可能不同，用来判断缓冲液里蛋白带什么电时，也要选对版本。要弄清“DNAMAN怎么算蛋白质等电点DNAMAN蛋白质等电点与净电荷有何关系”，可以把两项结果放在一起看：等电点给出净电荷为零时的pH，电荷表则用来查看蛋白在不同pH下带多少净电荷。
一、DNAMAN怎么算蛋白质等电点
DNAMAN的pI Charge工具按氨基酸序列计算理论等电点。分析前先确定手里的样品是全长蛋白、成熟链，还是带标签的表达产物。
1、把目标蛋白序列载入通道
①在DNAMAN的【File】文件区找到目标序列文件，双击载入序列通道。使用【FASTA】文件时，核对序列名称和氨基酸数，确认当前通道对应要分析的那条链。
②手头只有核酸序列时，先在【Protein Analysis】选项卡打开【Translation】，按已确认的编码区和阅读框生成氨基酸序列，再将目标蛋白序列载入通道。
如果样品已去掉信号肽，或在纯化后切除了标签，分析用的序列也应去掉相应片段。尤其要看切割后有没有残留的连接肽，别只按文件名判断序列是否与样品一致。
2、打开等电点与电荷工具
①选中载有目标蛋白的通道，在【Protein Analysis】选项卡点击【pI Charge】。
②在分析窗口中按已知的样品状态选择二硫键数量，读取理论等电点。若二硫键数没有确认，将当前选值记为计算假设。
③点击【Charge Table】，打开不同pH下的电荷表，将理论等电点、序列版本和二硫键设置一并记下。
二、DNAMAN蛋白质等电点与净电荷有何关系
等电点和净电荷回答的是两个问题：前者给出电荷抵消时的pH，后者给出某个pH下正、负电荷相加的结果。蛋白在等电点处净电荷为零，分子上仍可同时存在带正电和带负电的基团。
1、对照等电点两侧的电荷符号
pH改变时，蛋白两端及可电离侧链的带电状态会跟着变。在序列估算中，环境pH低于等电点时，蛋白整体偏正；环境pH高于等电点时，蛋白整体偏负。
①从【pI Charge】窗口记下等电点。假设这次算得pI为6.4，就在【Charge Table】中分别找低于和高于6.4的行。
②比较两行的净电荷符号。以该例来说，pH 6.0时预期为正，pH 7.0时预期为负。
2、按实际使用的pH查净电荷
①打开【Charge Table】，按缓冲液的实际pH查对应一行，同时记录电荷数值和正负号。
②如果表中没有目标pH，就查看它两侧的相邻行。两行符号一致时，可用来判断该处的带电方向；两行一正一负时，结合【pI Charge】显示的等电点判断目标pH落在哪一侧。
电荷表按一定间隔列出pH，未必刚好有一行等于零。等电点落在正负电荷交替的两行之间，这种情况并不奇怪。两个蛋白就算等电点接近，在同一缓冲液里的净电荷大小也可能不同，单凭pI的差值算不出电荷差多少。
3、把净电荷用于筛选纯化条件
①在【Charge Table】中对照几个可用的缓冲液pH，找出目标蛋白预期带正电和带负电的区间。
②若准备采用结合后洗脱的方式做离子交换纯化，可把偏正的条件列为阳离子交换的试验起点，把偏负的条件列为阴离子交换的试验起点，再结合样品稳定性和盐浓度安排小试。
三、DNAMAN理论等电点与预期不同时怎么复核
同一种蛋白出现两个pI，先分清两次算的是不是同一条链。序列完全一致时，再看二硫键设定和各工具的计算方法；如果对照的是实验值，还要考虑样品的实际状态。
1、分别计算切标前后的序列
①将带标签的表达序列与切标后的实际序列分别存成【FASTA】文件，载入不同通道。核对两条序列的末端，保留切割后仍留在蛋白上的残基。
②在两个通道中分别运行【pI Charge】。如果两种样品的二硫键状态相同，就使用相同设置；再从【Charge Table】比较两者在同一工作pH下的净电荷。
这样能分清是标签改变了理论pI，还是变化小到不足以影响所选pH下的电荷方向。若工作pH正好夹在两种序列的等电点之间，切标前后甚至可能带相反的净电荷。
2、核对计算假设和样品状态
①回到【pI Charge】，检查二硫键数量是否有依据。两个半胱氨酸才能组成一个二硫键，仅凭序列中半胱氨酸的个数，不能断定样品里实际形成了几对。
②用相同序列和其他工具交叉核算时，记录【pI Charge】的结果及所用假设。若对照的是实测结果，同时核对成熟链边界、末端加工和可能影响电荷的修饰，例如磷酸化。
总结
DNAMAN算出的理论等电点适合用来判断工作pH该往哪边选，净电荷表则能把这个判断落到具体的缓冲条件上。记录结果时，带上实际分析的序列、二硫键假设和工作pH，比单独留一个pI数字更有用，尤其是样品还要切标或更换纯化条件时。有相关需求，欢迎交流。
